Lincoln Burrows è detenuto nel braccio della morte del carcere di massima sicurezza Fox River, accusato di aver ucciso il fratello della vice-presidente degli Stati Uniti. La sua esecuzione è imminente e, benché la prove a suo carico siano schiaccianti, suo fratello, Michael Scofield, è assolutamente convinto dell'innocenza di Lincoln e deciso a sottrarlo al suo destino. Tuttavia il tempo è troppo poco e le vie legali non portano ad alcun risultato. Michael così elabora un incredibile piano per far evadere il fratello dal carcere e, a questo scopo, si fa arrestare per rapina a mano armata facendosi incarcerare proprio a Fox River...